Setelah masa-masa di Inggris, ia sempat dipinjamkan ke Celta Vigo pada musim 1998/1999. Jordi kemudian bermain untuk beberapa klub lain, termasuk Alaves, Espanyol, Metalurh Donetsk, hingga mengakhiri kariernya di Valletta pada musim 2009/2010.

Daftar Klub yang Pernah Dibela Jordi Cruyff:
• 1992-1994: Barcelona B
• 1994-1996: Barcelona
• 1996-2000: Manchester United
• 1999: Celta Vigo (pinjaman)
• 2000-2003: Alaves
• 2003-2004: Espanyol
• 2006-2008: Metalurh Donetsk
• 2009-2010: Valletta

Sepanjang kariernya sebagai pemain, Jordi berhasil meraih beberapa gelar prestisius, seperti Piala Super Spanyol 1994 bersama Barcelona dan trofi Premier League bersama Manchester United pada musim 1996/1997.

Perjalanan Karier Manajerial dan Penasihat Teknis
Setelah gantung sepatu pada 2010, Jordi beralih ke dunia kepelatihan dan manajemen sepak bola. Karier barunya dimulai sebagai asisten pelatih di Valletta sebelum menjadi Direktur Olahraga di AEK Larnaca.

Pada 2012, Jordi bergabung dengan Maccabi Tel Aviv di Israel sebagai direktur olahraga. Ia juga sempat menjadi pelatih sementara dengan lisensi UEFA Pro. Karier kepelatihannya berlanjut ke klub China, Chongqing Liangjiang Athletic (2018-2019), serta Timnas Ekuador (2020).

Setelah kembali ke China untuk melatih Shenzhen FC (2020-2021), Jordi mendapatkan kesempatan bergabung kembali dengan Barcelona pada 2021 sebagai penasihat teknis. Tak lama kemudian, ia dipromosikan menjadi Direktur Olahraga Barcelona pada 2022. Namun, ia memutuskan hengkang dari klub pada Juni 2023 setelah hampir dua tahun bertugas.